公司采取扁平化管理模式运行，设有综合管理部（党委办公室、党建工作部、党委宣传部、监察部）、人力资源部（党委组织部）、财务部、市场开发部、技术生产部(安全生产监督管理部、总工办)、创新发展研究中心、水运事业部、建筑事业部、总承包事业部等九个部门。武汉四达工程建设咨询监理有限公司为全资子公司，舟山市港航工程规划设计院有限公司为参股公司。